Les restes mortals, és a dir les relíquies de Sant Bernat i les seues germanes, es troben a l’interior d’unes imatges de bronze en un altar a l’església de Santa Caterina a Alzira.

Sant Joan de Ribera l’any 1609, després de comprovar el continuat robatori dels ossos dels sants patrons, va ordenar fer una imatge de bronze i guardar en el seu interior les restes òssies que encara es conservaven. Aquesta imatge-reliquiari es conserva en l’actualitat i és la que es venera a l’església de Santa Caterina.

Aquesta mesura, per a detindre l’espoli, va funcionar tan bé que en 1647 es van realitzar dues imatges per a protegir les relíquies de les Santes Maria i Gràcia. Lamentablement aquestes imatges es van perdre en la guerra civil espanyola. En un dels múltiples registres que feien els milicians les van trobar i van acabar en una fosa. Allí, en trencar les imatges, les restes òssies van quedar escampats pel sòl. Alguns treballadors de la funció, secretament, van posar fora de perill la majoria de les relíquies. Hui dia, aquestes relíquies es conserven a l’interior d’unes noves imatges de bronze que són rèpliques de les quals es van perdre.

Realment relíquies de Sant Bernat es poden trobar en diverses esglésies. Al llarg dels segles, per diferents motius, es van anar entregant xicotetes restes òssies en llocs on hi havia devoció per Sant Bernat.

Cap a l’any 1522, Alzira estava a punt de ser derrotada en la guerra de les Germaníes amb la consegüent pèrdua de poder polític que això podia causar a la ciutat. Això va fer témer als alzirenys que les restes (les relíquies) dels Sants Patrons, custodiats en un sepulcre al costat d’una ermita als afores de la ciutat, foren traslladats a la Catedral de València o al Monestir de Poblet. Per això les seues restes van ser amagades.

Huit dècades després els monjos trinitaris, que ocupaven un monestir al costat de l’ermita, van decidir buscar les restes que suposaven estaven enterrats a l’interior de l’ermita. Els van trobar a l’alba del 23 de juliol de 1599.

Després de la segona troballa de les restes de Sant Bernat a Alzira en 1599, van tornar les reclamacions des d’altres llocs per a fer-se amb els seus ossos. Les relíquies de sants eren en aquells dies una cosa molt cobejada. Per a tal fi, fins i tot l’abat de Poblet va viatjar a Dénia per a demanar-li’l al rei Felip III. Davant tanta pressió i per a aplacar aquesta reclamació, finalment Alzira va decidir donar part de les relíquies. A Poblet li van entregar una canilla i un tros del cap de Sant Bernat, així com també relíquies de les germanes santes. Aquestes relíquies van arribar al Monestir de Poblet el 2 de setembre de 1603. El seu més insigne frare havia tornat.

Lamentablement aqueixes relíquies es perdrien en el segle XIX després de la desamortització. El 29 de juny de 1959, el llavors president de la Arxiconfraria, D.Manuel Montagud Ricart va fer lliurament al monestir de noves relíquies.

El 2 de juny de 1688, el Papa Innocenci XI aprova i confirma la Confraria erigida sota l’advocació de Sant Bernat Màrtir.

Lamentablement, tota la centenària documentació de la confraria es va perdre en 1936 quan les esglésies d’Alzira van ser assaltades i incendiades.

El segle XVII va ser un període de molta religiositat a Espanya. Així va ocórrer que hi havia localitats amb bastants festes de sants d’obligat compliment. Per això la seua Santedat el Papa Urbà VIII va emetre una Butla autoritzant les autoritats civils perquè proclamaren al seu patró que de forma automàtica seria reconegut per l’Església Catòlica.

Així, el 19 de juliol de 1643, el Consell General dels Jurats d’Alzira, emparant-se en el Motu Proprio del Papa Urbà VIII referent a les festes de precepte, va declarar Patró a Sant Bernat Màrtir.